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双方开始排兵布阵，最终小灰军与小黄军各自损失了三分之二的兵力各自回城。其中小灰军大部分人都死于小黄军的魔法师手上。
小灰再次大怒，将逃回来的主帅处死，下令无论如何都要研究出超凡力量，不然通通拉去填城墙！
当晚，由最早的那批小灰的“兄弟”发起叛乱，组建了一只刺客部队刺杀小灰，离奇的是小灰的禁卫军竟五一阻拦，小灰卒，史称“灰刀之夜。”
第二夜，小灰二号任北新灰城与南旧灰城国王，是国家元首、最高司法长官、武装部队总司令的“最高领袖”。形式上有权任免首相、各部大臣、高级法官、军官、各属地的总督、外交官等，并有召集、停止、解散议会，批准法律，宣战和等权力，但实权在内阁。议会是最高司法和立法机构，由国王、上院和下院组成。而小灰三号任国家元首。
上任当天二号小灰便命令外交官将小灰的尸首运去小黄联盟，并提交了希望和平共处的愿望。
小黄联盟经过长时间的商议同意了停战协议。
双方开始进入长时间的和平发展时期。
小灰这边一次偶然挖出了一种液体，这种液体经过测试可以为细胞提供巨大的能量。研究院的灰们欣喜若狂，将这种液体命名为万能能源，围绕着这种液体发明了一系列的产物-将液体浇上去就会动的小汽车，将液体倒进去并提供细胞就可以源源不断的生产武器的机床，以及连接新灰城与旧灰城的的细胞路-上面由细胞构成的火车可以往返在两城运送大量物资......
而在小黄联盟那边由注重肉体发展的泰坦城，注重细胞合成猛兽的万兽城，和灰城一样走上肉械化的能源城与会使用血肉魔法的血灵城各自也在发展，但是因为理念不合都视其他城为异端经常发生小摩擦。
就这样发展了很长时间，灰城也扩建到了103号灰城，并且实现了全员自动化。小灰们只要学习学习再学习，研究研究再研究。
而小黄联盟则成为了四个王国，每个王国都有二十个左右的城市，每个城市容纳三十万左右的小黄。
先出问题的是小灰那边，因为无限制的开采万能能源导致很多地方塌陷，而且当一片地方的万能能源开采光后那一片地方就会腐烂并散发出使细胞人暴毙的气体。
于是小灰将开采地搬的越来越远，造成的污染也原来越多，运输的成本也越来越高。运10份万能能源回到城市只剩下两份是家常便饭。
细胞历1930年，由能源城王国90w精兵做内应，小灰帝国派出精兵800万，闪电般覆灭泰坦城四座主城。
举世皆惊，第一次细胞大战正是开始。
这次大战中，灰城展现了自己不计后果发展出来的科技：可以击碎城墙的连发式机枪，可以发射出去一发就可以炸掉一栋楼的便携式rpg……还有可以容纳8000小灰的飞天飞艇以及各式飞机。
最主要的是经过不计代价的研究，小灰帝国掌握了一种战略武器：一发就可以将整个城市地底万能能源毁灭殆尽的燃能弹。缺点是谁也得不到好处-城市没了后只留下满目苍痍与污染。
为了震慑小黄联盟，大战开始小灰帝国便向泰坦国万兽国以及血灵国的城市各发射了一枚燃能弹，除了血灵城的城市拥有能量护罩免受其难外，另外两座城市成为了废墟。
新小黄联盟抛弃隔阂紧密联系在一块，血灵城派出自己的魔法师驻守万兽城与泰坦城，而泰坦城的斗士们与万兽城的猛兽结合成为了非常可怕的兵种。
此次细胞大战一共持续了9个细胞年，最终留下了大量的污染源。战争期间为了抗争小灰帝国的步步紧逼，三个国家正式合并成为帝国-名为泰坦万兽血灵帝国。
最终小黄联盟也研发出禁咒-威力比燃能弹更大，代价是每使用一次就会有一只高阶小黄魔法师死亡。
以此为契机，第一次细胞大战结束。双方签订停战协议，双方承诺都不率先使用大规模杀伤性武器。
而小灰帝国对于万能能源无止尽的贪婪渴望，让泰坦万兽血灵帝国对于屡屡发起战争的小灰帝国十分警惕，开始举国之力发展战争科技。
小灰帝国不甘落后，大力在后方开疆扩土。
每天都有两国的间谍往返于两帝国之间，无间道的无间道的无间道每天都在上演。
时间来到细胞历2150年。
将近二百年的发展，小灰帝国已经成为了拥有城市1437座，每个城市拥有一千万人口的超大型帝国。而由间谍与二五仔带来的魔法科技与生物科技与万能能源科技结合形成了魔导科技。
而泰坦万兽血灵帝国拥有城市924座，同样发展了魔导科技。
魔导科技中，像什么魔法纳米锻造的反物质光束加农炮，什么正负离子泯灭禁咒，什么矢量子机械三头龙都被研发了出来。
但是发展陷入了瓶颈。
科学家们发现自己脚下的细胞集合球并不是无限大的，已经没有新的胞地和能源供帝国发展了。
甚至没有多余的原生细胞来发展人口。
于是细胞历2155年，小灰帝国以自己的外交大臣在万兽血灵帝国旅游时失踪为由率先发动战争，同时万兽血灵帝国以自己的国民被小灰帝国非法囚禁为由向小灰帝国宣战。
此次战争中双方使用了魔法基因病毒，量子元素爆弹等毁灭性武器。
此次战争没有胜者。
当所有的武器全部被使用，最后两颗细胞被做成大剑与大棒击中对方的身体。
小灰帝国和万兽血灵帝国与脚下的细胞肉球同时迎来了毁灭。
无人生还。